为方便各级农村合作医疗机构开展合作医疗工作的应用，系统采用现代通讯学、电子学、计算机科学、统计学、会计学、医疗管理学等多门学科多种技术，对各类新型农村合作医疗的费用测算、基金收缴、支付补偿、决策分析、监督审计等工作进行标准化、规范化管理，对新型农村合作医疗中产生的数据进行采集、存贮、处理、提取、传输、汇总和加工，为新型农村合作医疗的整体运行提供全面、综合管理的信息系统。